La historia del yoga tiene sus raíces en la época de la civilización del Valle del Indo. Los ejercicios y filosofías del yoga son practicados por los indúes para estimular el crecimiento espiritual y la conciencia. Los yoguis promueven la unificación interior con el jiva finito o yo transitorio y el Brahman infinito o yo eterno. Brahman es un nombre utilizado por los hindúes para significar "Dios".
En general, los yoguis creen que Dios coexiste con toda la realidad, manifestándose en todos los seres vivos, desde los humanos hasta la flora y la fauna. Esta creencia se llama panteísmo, que es la idea de que todo es Dios. El yoga ve el problema y el sufrimiento del hombre en términos de ignorancia. Los seres humanos simplemente se han apegado a las cosas materialistas y se han olvidado de servir a Dios, la fuente de todas las cosas. Por eso la gente necesita la iluminación o una experiencia de unión con Dios.
Las primeras pruebas arqueológicas de la existencia del yoga se encuentran en sellos de piedra grabados que representan figuras de posturas de yoga. Los sellos de piedra describen la existencia del yoga desde aproximadamente el año 3000 a.C. Sin embargo, los arqueólogos y científicos tienen razones para creer que el yoga existía mucho antes y que tiene sus orígenes en el chamanismo de la Edad de Piedra. El chamanismo y el yoga tienen características comparables, principalmente en sus esfuerzos por perfeccionar la condición humana en esa época. Ambos métodos aspiran a tratar a los miembros de la comunidad y los practicantes actúan como mediadores o gurús religiosos principales.
En los yacimientos de la civilización del Valle del Indo se han desenterrado varios sellos de esteatita que representan figuras en una determinada postura de yoga. Estas posturas de meditación son formas de disciplina ritual, es decir, de iniciación al yoga. Se han descubierto figuras especiales en el corazón de las reliquias maduras de Harappe que indican la devoción harappeana por la disciplina ritual y la concentración, y que las posturas de yoga pueden haber sido utilizadas tanto por los humanos como por sus deidades. Muchos otros estudiosos apoyan una especie de conexión entre los sellos del Valle del Indo y las prácticas posteriores de yoga y meditación.
Estos hallazgos arqueológicos permiten creer con razón que los pueblos de la India prearia ya aceptaban una amplia gama de actividades de yoga. Un sello recientemente descubierto en el desierto de Cholistán representa claramente a un "yogui". Sorprendentes imágenes de sellos del Valle del Indo muestran figuras en una pose conocida en el Hatha Yoga bajo el nombre de Mulabhandasana. La más famosa de estas imágenes fue llamada el sello de Pashupati por John Marshall, quien descubrió el artefacto y creyó que representaba una figura "proto-Shiva".
La génesis de los 200 Upanishads en las escrituras describe la visión interior de la realidad que resulta de la devoción a Brahman. Los Upanishads dilucidan aún más las enseñanzas de los Vedas. El yoga también comparte ciertos atributos no sólo con el hinduismo, sino también con el budismo. Siddhartha Gautama, el fundador del budismo, estudió yoga y alcanzó la iluminación a los 35 años.
Más tarde, hacia el año 500 a.C., se creó el Bhagavad-Gita o Canto del Señor, que actualmente es la escritura de yoga más antigua que se conoce. Los Yoga Sutra, que constan de 195 aforismos o sutras, fueron escritos por Patanjali hacia el siglo II con el objetivo de clasificar y normalizar el yoga de la época. El yoga se introdujo en Occidente a principios del siglo XIX. Se estudió por primera vez en el marco de la filosofía hindú y comenzó como un sistema de salud y vegetarianismo. En la década de 1960, los gurús hindúes proporcionaron más detalles sobre el sistema de yoga y sus filosofías.
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